pygbif jest podzielony na moduły dla każdego z głównych punktów końcowych API GBIF:
- Rejestr — Zbiory danych, Węzły, Instalacje, Sieci, Organizacje
- Gatunki — Nazwy taksonomiczne
- Wystąpienia — Dane o wystąpieniach, w tym API pobierania
- Mapy — Mapy, pobieranie map rastrowych z GBIF jako png lub mvt
W razie potrzeby można zaimportować całą bibliotekę lub każdy moduł z osobna.