Zbudowany w Belgii system GBIF Alert wygrywa Konkurs Ebbe Nielsen 2023

System powiadamiania o wystąpieniu gatunków na prowadzeniu, z ulepszeniami Frictionless Data dla Bionomii na drugim miejscu i trzecim miejscem na podium dzielonym przez Library Identification Resources i Open Data Biodiversity Mapper

Ebbe-2023
Illustration of a Japanese horseshoe crab Tachypleus tridentatus(Leach, 1819) from Fauna japonica v.1 Crustacea (1823-1830) via Biodiversity Heritage Library, no rights reserved under CC0.

GBIF Alert, elastyczny system open-source stworzony do powiadamiania użytkowników o dostępności danych o nowych obserwacjach w GBIF, został wybrany zwycięzcą GBIF Ebbe Nielsen Challenge edycji 2023.

Członkowie belgijskiego zespołu odpowiedzialni za GBIF Alert, pod kierownictwem Nicolas Noé z The Binary Lerest, nie są obcy społeczności GBIF ani podium zwycięzców konkursu. Noé był przedtem członkiem trzyosobowego zespołu, który wygrał inauguracyjną nagrodę Konkursu w roku 2015, razem z Peterem Desmet z Research Institute for Nature and Forest (INBO), z którym znów współpracował. Lien Reyserhove i Damiano Oldoni z INBO również współpracowali z Desmet przy ich zwycięskim projekcie z roku 2018. Współpracownicy z INBO, Tim Adriaens i Bram D’Hondt kończą listę członków tegorocznego zwycięskiego zespołu.

Frictionless Data from Bionomia, projekt Davida Shorthouse, wygrał drugą nagrodę za nową funkcję eksportu, która wspiera ciągłą poprawę jakości danych w odniesieniu do danych pochodzących ze zbiorów naukowych. Dwa projekty, które dzielą trzecie miejsce, kończą listę zwycięzców na rok 2023:

Jury, pod przewodnictwem Birgitte Gemeinholzer, profesor botaniki w University of Kassel i obecnej przewodniczącej Komisji Naukowej GBIF, wyłoniło laureatów Konkursu z puli 12 zakwalifikowanych projektów. Owa doroczna nagroda motywacyjna ustanowiona została w celu upamiętnienia Dr Ebbe Schmidt Nielsen, entomolog pochodzenia duńsko-australijskiego, jednej z założycieli GBIF i inspirującej liderki w społeczności biosystematyków i informatyków bioróżnorodności.

Środki z rocznej puli nagród w wysokości 20 000 euro zostaną rozdzielone między laureatów pierwszego, drugiego i trzeciego miejsca: 8 000 euro dla zespołów zajmujących pierwsze miejsce, 6 000 euro za drugie miejsce i 3 000 euro dla laureatów trzeciego miejsca.

Zwycięzcy 2023 GBIF Ebbe Nielsen Challenge

Pierwsza Nagroda
GBIF Alert: open-source system powiadamiania użytkowników GBIF o wystąpieniach gatunku

To narzędzie open-source wielokrotnego użytku pokazuje, jak korzystać z GBIF.org jako systemu powiadamiania użytkowników o nowo dostępnych danych o występowaniu danego gatunku lub obserwacjach w danej lokalizacji. Można je wdrożyć i skonfigurować do generowania ostrzeżeń dla każdej kombinacji określonych taksonów, obszarów lub zbiorów danych źródłowych, jednak najbardziej prawdopodobne zastosowanie systemu skupia się na zarządzaniu inwazyjnymi gatunkami (IAS).

Menedżerzy i decydenci polityczni odpowiedzialni za monitorowanie rozprzestrzeniania się inwazyjnych gatunków wymagają szybkiego dostępu do informacji na temat pojawiania się nowych przypadków wystąpienia owych gatunków, czy to na znanych obszarach wprowadzenia, czy na nowych. GBIF Alert może na bieżąco informować o nowych (lub nowych w GBIF) danych dotyczących gatunków stanowiących przedmiot ich zainteresowania, wysyłając powiadomienia e-mail, które można ustawić dzięki prostemu, intuicyjnemu interfejsowi użytkownika. Wersja demo zgłoszona na Konkurs została skonfigurowana do monitorowania indeksu występowania GBIF pod kątem nowych danych o inwazyjnych gatunkach Ameryki Północnej.

Pomysł na GBIF Alert powstał bezpośrednio z doświadczenia pracy nad Life RIPARIAS, open-source systemu wczesnego ostrzegania opartego na GBIF, skupiającego się na inwazyjnych gatunkach roślin łęgowych i raków w niektórych częściach Belgii. Gdy tylko zdaliśmy sobie sprawę, że bardziej elastyczna, mniej zakodowana konfiguracja sprawiłaby, że system byłby przydatny dla wielu innych drużyn na całym świecie, po prostu nie mogliśmy zatrzymać go tylko dla siebie, więc włożyliśmy pewien dodatkowy wysiłek — mówi Noé. - Nasze szczęście i zaskoczenie ze zdobycia pierwszej nagrody dało nam zastrzyk energii, który zainwestujemy w inne narzędzia informatyczne dotyczące różnorodności biologicznej w tym samym duchu open-source, i bardzo chcielibyśmy zobaczyć funkcje GBIF Alert wbudowane bezpośrednio w GBIF.org

video | GitHub | GBIF Alert demo dla USA. gatunki inwazyjne

Druga Nagroda
Frictionless Data from Bionomia

Ten projekt, przygotowany przez kanadyjskiego informatyka bioróżnorodności Davida Shorthouse jest jedynym zwycięzcą drugiego miejsca Konkursu na rok 2023. Bionomia, platforma wydana przez niego pięć lat temu, wykorzystuje trwałe identyfikatory z ORCID i Wikidata, aby umożliwić "skrybom"-wolontariuszom adnotację danych o okazach udostępnianych w GBIF.org, pozwalając dokładniej docenić wkład zbieraczy okazów i identyfikatorów. Ten proces zainicjował szersze dyskusje na temat lepszych sposobów na uznanie i nagradzanie wiedzy fachowej niezbędnej do gromadzenia, utrzymania i digitalizacji wiedzy ze światowych zbiorów naukowych.

Projekt Shorthouse'a zgłoszony na edycję Konkursu z roku 2023 przedstawił nową funkcję, która automatycznie przygotowuje Frictionless Data Packages o atrybucjach kolektora i identyfikatora dla każdego zbioru danych w Bionomii. Poleganie na tym prostym, wygodnym formacie ułatwia menedżerowi kolekcji importowanie atrybucji z Bionomii do lokalnego systemu zarządzania kolekcją oraz udostępnianie nowo zaktualizowanych i ulepszonych danych, tworząc pozytywny cykl obustronnej poprawy jakości danych.

Wybór Bionomii przez jury podkreśla wartość tworzenia nowych funkcjonalności na bazie już istniejących narzędzi. Tymczasem menedżerowie danych, którzy obecnie poprawiają jakość swoich zbiorów za pomocą atrybutów Bionomii, będą dzielić się wskazówkami i swoimi doświadczeniami 6 grudnia 2023 r. podczas półdniowych warsztatów wirtualnych o round-tripping, na które rejestracja jest teraz otwarta.

Te nowe produkty pomagają wykazać wartość instytucjonalną Bionomii i przynoszą zyski z inwestycji w digitalizację i transkrypcję okazów — mówi Shorthouse. - Trwałe unikatowe identyfikatory dla ludzi mogą wydawać się mało znaczącym dziedzictwem, jednak służą jako paszporty do ich miejsca pochodzenia, mikrohistorii i emocjonalnych więzi łączących ludzi, którzy położyli podwaliny dla naszych kolekcji historii naturalnej razem z ich sieciami wsparcia, tym, co zebrali, gdzie byli, i naszą wspólną planetą. Mam nadzieję, że wszystkie zbiory, które dzielą się danymi z GBIF, będą mogły korzystać z usługi Bionomii, aby pomóc we wzmocnieniu własnych sieci lokalnych.

wideo | GitHub

Trzecia nagroda
Library of Identification Resources

Ta platforma internetowa stworzona przez biologa i programistę Larsa Willighagen łączy w sobie dwie internetowe usługi, które kierują naukowców do odpowiednich kluczy taksonomicznych, aby pomóc im w identyfikacji zaobserwowanych przez siebie organizmów. Willighagen jest obecnie studentem II stopnia w Instytucie Nauk Biologicznych i Środowiskowych (RIBES) Uniwersytetu Radboud w Nijmegen, Niderlandach.

Pierwszą podstawową usługą jest nadający się do przetwarzania maszynowego publiczny katalog taksonomicznych prac referencyjnych, od prostych przewodników obrazkowych po kompleksowe publikacje seryjne. To repozytorium bibliograficzne zawiera metadane dotyczące prac referencyjnych, informacje o ich zasięgu taksonomicznym i geograficznym oraz kompletności. W miarę możliwości pełny wykaz nazw znajdujących się w pracach jest ekstrahowany i mapowany do Taksonomii Podstawowej GBIF przy użyciu GBIF API.

Użytkownicy korzystają z bardziej widocznej drugiej usługi, wprowadzając lokalizację i nazwę naukową obserwacji wymagającej identyfikacji. Wyniki wyszukiwania zwracają potencjalnie istotne publikacje referencyjne z katalogu oraz szacują ich przydatność w weryfikacji tożsamości obserwacji. Szacunki adekwatności opierają się na GBIF API w celu stworzenia listy kontrolnej wszystkich gatunków znajdujących się w miejscu wyszukiwania, które można porównać z wykazami taksonów w publikacjach. Wykorzystanie dostępnych danych uwzględnia zmiany w rozmieszczeniu gatunków w czasie, zważywszy, że starsze klucze skoncentrowane na określonych taksonach w regionach docelowych mogą stać się nieprzydatne, podczas gdy inne klucze ograniczone do różnych regionów stały się przydatne.

wideo | Znajdź zasoby identyfikacyjne | Katalog | GitHub: Wyszukiwanie Zasobów | GitHub: Katalog

Trzecia nagroda
Open Data Biodiversity Mapper

Prototyp aplikacji internetowej Shiny w języku R, stworzony przez Sama Perrin, Philipa Stanleya Mostert i Rona Togunov z NTNU uruchamia otwarty proces danych, który przetwarza różne typy zbiorów danych, ułatwiając użytkownikom tworzenie zintegrowanych modeli rozmieszczenia gatunków (ISDM).

Podejście to uznaje fakt, że pomimo korzyści wynikających ze standaryzacji, oportunistyczne obserwacje naukowców-amatorów mogą znacznie różnić się od zapisów zebranych przy użyciu złożonego protokołu umożliwiającego uzyskanie dużej ilości próbek. Zachowując niektóre unikalne mocne strony i cechy kontrastujących metod gromadzenia danych w podstawowych zbiorach danych i dostosowując je w ramach jednolitych ram statystycznych, zamiast po prostu łączyć zapisy i wyrównywać ich różnice, Open Data Biodiversity Mapper poprawia wynikające z nich wizualizacje ISDM.

Narzędzie to obecnie generuje mapy intensywności gatunków dla czterech różnych grup taksonomicznych w okręgu Trøndelag w centralnej Norwegii, ale zespół obecnie skaluje narzędzie, aby stworzyć mapy dla całej Norwegii. Mimo że celem jest zapewnienie dostępu do narzędzi ISDM grupom bez niezbędnych umiejętności technicznych, dostęp do skryptów i instrukcje krok po kroku do ich używania powinny umożliwić użytkownikom posiadającym pewną wiedzę na temat GitHub, GBIF i R do tworzenia zlokalizowanych wersji narzędzia dla innych taksonów docelowych.

wideo | GitHub

Jury Konkursu Ebbe Nielsen w 2023